Mengukur Sifat-sifat Struktural [HyperChem]

1.Buatlah Gambar Fenol dengan Hyperchem lalu simpan

Sifat-sifat Atom

Saat anda memilih suatu atom, misalnya atom O pada gambar yang anda buat di Latihan 2, pada status line akan tertera nomor atom, jenis atom, serta muatan untuk medan gaya mekanika molekuler saat itu. Koordinat x, y, dan z dari atom itu juga ditampilkan. Bersamaan dengan itu, pada menu Build, item set atom Type, Set Charge, dan Constrain Geometry menjadi aktif, sehingga anda dapat menetapkan sifat-sifat atomik non-default

Mengukur Panjang Ikatan

Saat anda memilih suatu ikatan, misalnya ikatan C-O pada gambar yang anda buat di Latihan 2, panjang ikatan tersebut akan tertera pada status line. Nilai yang ditampilkan ialah panjang ikatan default antar atom dengan jenis dan hibridisasi tertentu, yang tersedia pada perpustakaan Hyperchem. Jika panjang ikatan default tidak tersedia, Hyperchem menggunakan rerata jejari kovalen kedua atom yang berikatan. Anda juga dapat menetapkan panjang ikatan non-default dengan memanfaatkan item Constrain Bond Length pada menu Build, yang menjadi aktif saat ikatan dipilih

Mengukur Sudut Ikatan

Untuk mengukur sudut ikatan, misalnya < (C-O-H) pada gambar yang anda buat dilatihan 2, deret kiri menghubungkan kedua atom ujungnya, yaitu dari atom H atau sebaliknya, lalu lepaskan mouse. Sudut itu akan diberi highlight dan nilai default-nya, yaitu yang ditetapkan berdasarkan hibridisasi: tetrahedral (109^o), trigonal (120^o),atau linear (180^o), akan tertera dalam status line. Anda dapat memasukkan sudut ikatan non-default menggunakan item Constrain Bond Angle pada menu Build, yang menjadi aktif saat anda memulai pengukuran sudut ikatan

Mengukur Sudut Torsi

Sudut torsi (empat atom) A-B-C-D ialah sudut antara A dan D saat diamati sepanjang ikatan B-C (seperti saat anda membuat proyeksi Newman). Untuk mengukurnya, misalnya torsi C-C-N-H pada gambar yang anda buat di Latihan 2, seret kiri menghubungkan kedua atom ujungnya, yaitu dari atom C  cincin ke atom H, lalu lepaskan mouse. Torsi itu akan diberi highlight dan status line menunjukan nilai -60^o (gauche). Dengan memanfaatkan item Constrain Bond  Torsion pada menu Build yang menjadi aktif saat dimulainya pengukuran sudut torsi, anda dapat menetapkan sudut torsi ikatan non-default

Mengukur Jarak Antar Atom Yang Tidak Berikatan

Pastikan item Multiple Selections pada menu Select  terpilih, lalu klik kiri dua atom mana saja yang tidak berikatan. Jarak di antara mereka tertera pada status line.

Ikatan Hidrogen

Untuk menampilkan ikatan hidrogen antara atom N dari gugus amino dan atom H dari gugus hidroksil pada gambar yang anda buat di Latihan 2, aturlah agar ikatan O-H-N mendekati linear. Kemudian klik kiri Display-Show Hydrogen Bonds, dilanjutkan dengan klik kiri Display-Recompute H Bonds. Hyperchem menampilkan ikatan hidrogen sebagai garis putus-putus

Sumber : Modul Praktikum Kimia Komputasi karangan Harno D Pranowo