Apa itu HyperChem?
HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memungkinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. Software ini dapat digunakan untuk menggambar struktur kimia, optimasi geometri dengan berbagai macam model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:
1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)
4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.
Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.
7. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
8. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
9. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.
Membuat Animasi Vibrasi Molekul dgn Hyperchem 8.03
Membuat animasi suatu molekul tidak bisa disamakan dengan membuat animasi biasa. Semua proporsi gerakan harus terhitung dengan tepat.
Diasumsikan pada komputer telah terinstall program hyperchem, microsoft office powerpoint ditambah add-ins liveweb for powerpoint.
- Buka program hyperchem yang terinstall
- Buat model molekul tertentu, saya contohkan membuat ‘Alanin’ yang bisa diambil dari Menu Databases > Amino acid…>> klik ‘Ala’ > tutup tampilan jendela pop-up.
3. Klik menu Build > Add H & Model Build
4. Klik menu Setup > pilih Semi-empirical… Pilih Model PM3 > Ok
5. Agar molekul tampak sebagai model 3 Dimensi lakukan rendering dgn klikmenu Display > Rendering > pilih atom rendering ‘Ball & Cylinders’ > Ok
- Klik menu Compute > Geometry Optiazion…> Ok … eits tunggu proses optimasi hingga selesai.
- Klik menu Compute > Vibration, Rotation Analysis. Tunggu proses perhitungan hingga selesai.
- Klik menu Compute > Vibrational Spectrum… dan pastikan Animate vibration tercentang > klik Ok.
- Selesai…
Untuk menyisipkannya di powerpoint (seperti pada tulisan sebelum-nya) maka animasi molekul yang dibuat tadi harus disimpan dalam format html/htm. Caranya:
- Klik File > Save as HTML > ketik nama file. Jangan lupa ubah beberapa detail dan HTML options.
- Pastikan untuk HTML option terpilih Struktur plus Normal modes.
- Pada HTML file details pastikal bahwa pada bagian molekul terpilih Cylinders > Ok > Save
Buka file yang dibuat tadi dengan internet explorer atau browser lainnya. pastikan pada internet explorer activeX control teraktifkan, jika belum aktif klik saja bagian tanda peringatan yang muncul tepat di bagian bawah menu internet explorer. Pilih Allow Blocked Content > Yes dan jika semua sukses maka animasi vibrasi molekul yg dibuat akan muncul dengan gerakan vibrasi-nya.
Selamat mencoba…
Tidak ada komentar:
Posting Komentar