Cari Blog Ini

Memuat...

Jumat, 30 Desember 2011

Jmol [ChemPup]

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini gratis lho….. selain gratis aplikasi ini kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix. Aplikasi ini bisa di download disitus resminya -> http://jmol.sourceforge.net/download/. Untuk aplikasi jmol ini tidak membutukkan persyaratan komputer yang neko-neko, yang penting komputer yang digunakan suport dengan java 1.4 keatas. Tutorial instalasi untuk masing-masing sistem operasinya bisa di lihat disitusnya.
Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.

Gambar di bawah ini adalah contohnya


Jmol yang digunakan dalam sistem operasi linux (PCLinuxOS). Kalau untuk menggambar senyawa sesuai dengan keinginan yang pertama kali ada lah membuka jmol dengan tampilan polos.


Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon “Open the model kit

Setelah di klik muncul seperti ini deh.


Nah langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa CH3NO2


Nah jadi deh senyawa CH3NO2-nya. Software ini sangat berguna jika kita mempelajari tentang suatu senyawa atau kita juga dapat menggukanan aplikasi ini untuk proses belajar mengajar.
Untuk menu di dalam sebenarnya masih banyak dan Jmol dapat menggunakan suatu script. Untuk keperluan yang sederhana seperti diatas, kemampuan mengolah data sebatas menggambar itu sudah cukup untuk mengoperasikan aplikasi ini. Untuk hal yang lebih rumit kemampuan dalam bahasa pemrograman juga di butuhkan.
Selamat mencoba ya,,, Yang tidak bisa kudu di coba,,, Yang sudah bisa kudu di bagi-bagi ilmunya,,,

AutoDock



What is AutoDock?

AutoDock is a suite of automated docking tools. It is designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure.
Current distributions of AutoDock consist of two generations of software: AutoDock 4 and AutoDock Vina.
AutoDock 4 actually consists of two main programs: autodock performs the docking of the ligand to a set of grids describing the target protein; autogrid pre-calculates these grids.
In addition to using them for docking, the atomic affinity grids can be visualised. This can help, for example, to guide organic synthetic chemists design better binders.
AutoDock Vina does not require choosing atom types and pre-calculating grid maps for them. Instead, it calculates the grids internally, for the atom types that are needed, and it does this virtually instantly.
We have also developed a graphical user interface called AutoDockTools, or ADT for short, which amongst other things helps to set up which bonds will treated as rotatable in the ligand and to analyze dockings.
AutoDock has applications in:
  • X-ray crystallography;
  • structure-based drug design;
  • lead optimization;
  • virtual screening (HTS);
  • combinatorial library design;
  • protein-protein docking;
  • chemical mechanism studies.
     
AutoDock 4 is free and is available under the GNU General Public License. AutoDock Vina is available under the Apache license, allowing commercial and non-commercial use and redistribution. Click on the "Downloads" tab. And Happy Docking!

What is AutoDock Vina?

AutoDock Vina is a new generation of docking software from the Molecular Graphics Lab. It achieves significant improvements in the average accuracy of the binding mode predictions, while also being up to two orders of magnitude faster than AutoDock 4.1

Because the scoring functions used by AutoDock 4 and AutoDock Vina are different and inexact, on any given problem, either program may provide a better result.

Detailed information can be found on the AutoDock Vina web site.

What's new?

AutoDock 4.2 is faster than earlier versions, and it allows sidechains in the macromolecule to be flexible. As before, rigid docking is blindingly fast, and high-quality flexible docking can be done in around a minute. Up to 40,000 rigid dockings can be done in a day on one cpu.
AutoDock 4.2 now has a free-energy scoring function that is based on a linear regression analysis, the AMBER force field, and an even larger set of diverse protein-ligand complexes with known inhibition constants than we used in AutoDock 3.0. The best model was cross-validated with a separate set of HIV-1 protease complexes, and confirmed that the standard error is around 2.5 kcal/mol. This is enough to discriminate between leads with milli-, micro- and nano-molar inhibition constants.
You can read more about the new features in AutoDock 4.2 and how to use them in the AutoDock4.2 User Guide.

AutoDock 4 is Free Software

The introduction of AutoDock 4 comprises three major improvements:
  1. The docking results are more accurate and reliable.
  2. It can optionally model flexibility in the target macromolecule.
  3. It enables AutoDock's use in evaluating protein-protein interactions.
AutoDock 4.0 not only is it faster than earlier versions, it allows sidechains in the macromolecule to be flexible. As before, rigid docking is blindingly fast, and high-quality flexible docking can be done in around a minute. Up to 40,000 rigid dockings can be done in a day on one cpu.
AutoDock 4.0 now has a free-energy scoring function that is based on a linear regression analysis, the AMBER force field, and an even larger set of diverse protein-ligand complexes with known inhibiton constants than we used in AutoDock 3.0. The best model was cross-validated with a separate set of HIV-1 protease complexes, and confirmed that the standard error is around 2.5 kcal/mol. This is enough to discriminate between leads with milli-, micro- and nano-molar inhibition constants.
You can read more details about the new features in AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4.0 can be compiled to take advantiage of new search methods from the optimization library, ACRO, developed by William E. Hart at Sandia National Labs. We have also added some new features to our existing evolutionary methods. We still provide the Monte Carlo simulated annealing (SA) method of 2.4 and earlier. The Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) is a big improvement on the Genetic Algorithm, and both genetic methods are much more efficient and robust than SA.

Mailing List and Forum

We have established a mailing list and forum for AutoDock users. Here is more information about the AutoDock List (ADL). URL for the forum is http://mgl.scripps.edu/forum.

What is AutoDockTools (ADT)?

We have developed and continue to improve our graphical front-end for AutoDock and AutoGrid, ADT (AutoDockTools). It runs on Linux, Mac OS X, SGI IRIX and Microsoft Windows. We also have new tutorials, along with accompanying sample files.

Where is AutoDock Used?

AutoDock has now been distributed to more than 29000 users around the world. It is being used in academic, governmental, non-profit and commercial settings. In January of 2011, a search of the ISI Citation Index showed more than 2700 publications have cited the primary AutoDock methods papers.
AutoDock is now distributed under the GPL open source license and is freely available for all to use. Because of the restrictions of incorporating GPL licensed software into other codes for the purpose of redistribution, some companies may wish to license AutoDock under a separate license agreement - which we can arrange. Please contact Prof. Arthur J. Olson at + 1 (858) 784-2526 for more information.

Why Use AutoDock?

AutoDock has been widely-used and there are many examples of its successful application in the literature (see References); in 2006, AutoDock was the most cited docking software. It is very fast, provides high quality predictions of ligand conformations, and good correlations between predicted inhibition constants and experimental ones. AutoDock has also been shown to be useful in blind docking, where the location of the binding site is not known. Plus, AutoDock is free software and version 4 is distributed under the GNU General Public License; it easy to obtain, too.

Run Your AutoDock Research Project on World Community Grid!

Does your research run on AutoDock? If so, you may be eligible to benefit from World Community Grid’s free computational power to accelerate your research. AutoDock has already been “grid-enabled” by World Community Grid’s technical team and is currently being run on World Community Grid with the FightAIDS@Home project from The Scripps Research Institute and the Discover Dengue Drugs - Together project from The University of Texas Medical Branch. Please review World Community Grid’s research project criteria and contact World Community Grid if you have an idea for a project proposal or any questions.

Sumber : http://autodock.scripps.edu/ 

Analisa dengan Hyperchem (Stabilitas dan Struktur Karbokation Benzil dan Alil)


Tujuan
Menyelidiki stabilitas karbokation benzil dan alil menggunakan perhitungan semi empiris AM1.
Latar belakang
Karbokation alil dan benzil merupakan zat antara yang khusus karena mempunyai kestabilan yang sangat tinggi. Mereka sering kali dilihat sebagai thermodynamic sinks dalam kenampakan frakmentasi spectra massa. Karbokation ini dan turunan mereka telah dikarakterisasi secara luas dengan spektroskopi NMR dalam kondisi superasam. Stabilitas yang tinggi dari karbokation ini dicirikan pada pemberian elektron ke dalam orbital p kosong pada pusat karbokation yaitu melalui stabilitas resonansi. Hal ini memberikan akibat bahwa semua elektron (juga muatan positif) dari kation alil dan benzil terdelokal secara signifikan. Dalam rangka mendapatkan kondisi tersebut, kation harus berada pada geometri planar untuk dapat memungkinkan tumpang tindih orbital p kosong dengan sistem elektron terkonjugasi.
Dalam percobaan ini, perhitungan semi empiris AM1 digunakan untuk menguji geometri dan distribusi muatan dari karbokation. Setelah perhitungan panas pembentukan (ΔHf) untuk setiap kation, perbedaan bentuk planar dan bentuk saling tegak lurus akan ditentukan. Perbedaan pada harga ΔHf dapat digunakan untuk mengukur tambahan stabiltas yang disebabkan oleh delokalisasi electron.
 
Prosedur
            Langkah pertama adalah menggambarkan kation dalam bentuk planar dan saling tegak lurus dan menghitung panas pembentukannya. Setelah dilakukan minimisasi energy, akan sangat berguna untuk mengkaji muatan atom yang terdapat pada setiap atom C untuk menentukan ke mana muatan positif didistribusikan.
            Catatan: Anda memerlukan file Start dan Stop Log dan selanjutnya membuka file log dari percobaan ini. Jika Anda tidak yakin bagaimana melakukan hal ini, lihat pada pendahuluan.
1.      Klik pada Build dan yakinkan bahwa Explicit Hydrogen sedang aktif.
2.      Gunakan menu Draw dan gambarkan kation alil. Jangan mengaktifkan Add H & Model Build.
3.      Gunakan menu Draw untuk menambah atom hidrogen pada stuktur yang dibuat.
4.      Klik ganda pada kedua ikatan C-C sehingga akan muncul garis putus-putus yang menunjukan bahwa ikatan terkonjugasi.
5.      Klik pada Build dan selanjutnya Model Build. Anda harus mendapatkan struktur planar sempurna (Ingat, tidak ada hidrogen yang ditambahkan).
6.      Gunakan menu Select dan klik dan geser dari C1 ke satu atom H pada C3. Anda harus mempunyai 4 atom terpilih (warna hijau).
7.      Klik pada Build dan selanjutnya Constrain Bond Torsion. Pilih Other dan atur sudut pada 90o dan selanjutnya OK.
8.      Matikan fungsi pilihan untuk 4 atom dan klik pada Build dan selanjutnya Model Build. Struktur yang Anda peroleh adalah kation alil yang tegak lurus, yaitu CH2 terminal terpilin tegak lurus pada ikatan rangkap dua.
9.      Pilih Setup, AM1 dan selanjutnya Options.
10.  Pilih Total Charge dan Spin Multiplicity keduanya dengan angka 1. Pilih OK dan selanjutnya OK.
11.  Pilih Compute dan selanjutnya Geometry Optimization.
12.  Jika perhitungan telah selesai, catat panas pembentukan dan panjang ikatan dan muatan atom pada lembar laporan. Untuk muatan atom, aktifkan menu Display, Labels dan selanjutnya Charge. Cetak struktur dengan muatan dan lampirkan pada lembar laporan.
Prosedur umum di atas dapat digunakan untuk memodelkan karbokation benzil tegak lurus. Lakukan klik ganda pada cincin aromatis sehingga garis putus-putus akan muncul dalam cincin, menunjukan ikatan konjugasi dalam cincin. Untuk menggambarkan karbokatian alil dan benzil planar, Anda harus meniadakan langkah 6-8. Cetak setiap struktur dengan muatan dan lampirkan pada laporan.
v� � n t � ] P[ 'width:120.45pt;border-top:none;border-left: none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;border-right:solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt:solid windowtext .5pt;mso-border-left-alt:solid windowtext .5pt; mso-border-alt:solid windowtext .5pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt'>
1,85 D
Jarak ikat O - H
0.958 Å
Jarak ikat N - H
1.0124 Å
Sudut ikat H-N-H
106.67o
Sudut ikat H-O-H
104.45o
Energi molekul
47992  kal/mol
III. Cara kerja
A.        Menghitung parameter molekul H2O
Untuk memperoleh parameter molekul air ikuti langkah-langkah berikut :
1.     Klik Build , Klik Default Elements, pilih atom O dan klik.
2.     Klik Build, Klik Add Hydrogen, Klik Model Build.
3.     Klik Setup, klik Semiempiris, Klik Metode : Extended Hückel, Klik Options, set Multiplicity = 1, Total Charge = 0.
4.     Klik File, Klik Start log, tulis nama file = air.log (masukkan ke direktori kerja anda).
5.     Klik Compute, Klik Geometry Optimization, set RMS : 0.0001 kcal/mol dan 5000 cycles. Klik Ok.
6.     Klik File, Klik Stop log.
7.     Buka Notepad dan Klik File, Klik Open dan buka file air.log.
8.     Catatlah energi molekul dan momen dipolnya.
9.     Kembali ke windows Hyperchem. Klik Select, Klik Atom. Klik        . Klik atom H kemudian O dan dicatat jarak ikatnya. Berikutnya Klik atom hidrogen satunya dan catat sudutnya.
10.   Langkah 3 - 9 diulangi untuk metode semiempiris yang lain.
B.        Menghitung parameter NH3
Langkah-langkah yang dilakukan sama dengan A, tetapi elemen dipilih untuk molekul NH3.
C. Menghitung jarak ikatan hidrogen antara NH3 dan H2O
Dari parameter yang diperoleh, dipilih metode yang menghasilkan jarak ikatan yang mendekati eksperimen. Kemudian anda mengulangi langkah A dan B dengan menggunakan metode semiempiris yang telah terpilih. Simpanlah masing-masing file dengan air1.hin dan amo1.hin. Kemudian anda sedang dalam keadaan membuka file amo1.hin. Klik Open, Klik Merge, Klik air1.hin. Klik Select, Klik Molecules, Klik     , Klik molekul air, jalan prosedur A(5). Klik kanan mouse pada molekul air. Jalankan prosedur A(5). Klik Display, Klik Recompute H bond. Seleksilah atom yang berikatan hidrogen. Catat jarak ikatannya.

Analisa dengan Hyperchem (Praktek Semi Empiris)


Ria Armunanto, S.Si.
Pusat Kimia Komputasi Indonesia Austria, FMIPA UGM Yogyakarta



I. Tujuan praktek
1.     Memahami berbagai metode semiempiris
2.     Membandingkan akurasi perhitungan momen dipol, jarak ikat, sudut ikat, dan energi molekul air dan amoniak dengan berbagai metode semiempiris
3.     Menentukan jarak ikatan hidrogen antara molekul air dan amoniak.
II. Pendahuluan
        Di dalam praktek, penggunaan metode semiempiris untuk menghitung beberapa parameter struktur molekul akan dilakukan dengan menggunakan metode semiempiris sebagai berikut :
1.         Extended Hückel
2.         CNDO
3.         INDO
4.         MINDO/3
5.         MNDO
6.         AM1
7.         PM3
8.         ZINDO/1
9.         ZINDO/2
Dalam perhitungan ini molekul yang akan dipakai sebagai obyek perhitungan adalah:
1.         H2O
2.         NH3
3.         H2O - NH3
Hasil percobaan untuk beberapa parameter molekul air dan amoniak adalah sebagai berikut :
Tabel Parameter struktur molekul NH3 dan H2O hasil percobaan
Parameter
NH3
H2O
Momen dipol
1,47 D
1,85 D
Jarak ikat O - H
0.958 Å
Jarak ikat N - H
1.0124 Å
Sudut ikat H-N-H
106.67o
Sudut ikat H-O-H
104.45o
Energi molekul
47992  kal/mol
III. Cara kerja
A.        Menghitung parameter molekul H2O
Untuk memperoleh parameter molekul air ikuti langkah-langkah berikut :
1.     Klik Build , Klik Default Elements, pilih atom O dan klik.
2.     Klik Build, Klik Add Hydrogen, Klik Model Build.
3.     Klik Setup, klik Semiempiris, Klik Metode : Extended Hückel, Klik Options, set Multiplicity = 1, Total Charge = 0.
4.     Klik File, Klik Start log, tulis nama file = air.log (masukkan ke direktori kerja anda).
5.     Klik Compute, Klik Geometry Optimization, set RMS : 0.0001 kcal/mol dan 5000 cycles. Klik Ok.
6.     Klik File, Klik Stop log.
7.     Buka Notepad dan Klik File, Klik Open dan buka file air.log.
8.     Catatlah energi molekul dan momen dipolnya.
9.     Kembali ke windows Hyperchem. Klik Select, Klik Atom. Klik        . Klik atom H kemudian O dan dicatat jarak ikatnya. Berikutnya Klik atom hidrogen satunya dan catat sudutnya.
10.   Langkah 3 - 9 diulangi untuk metode semiempiris yang lain.
B.        Menghitung parameter NH3
Langkah-langkah yang dilakukan sama dengan A, tetapi elemen dipilih untuk molekul NH3.
C. Menghitung jarak ikatan hidrogen antara NH3 dan H2O
Dari parameter yang diperoleh, dipilih metode yang menghasilkan jarak ikatan yang mendekati eksperimen. Kemudian anda mengulangi langkah A dan B dengan menggunakan metode semiempiris yang telah terpilih. Simpanlah masing-masing file dengan air1.hin dan amo1.hin. Kemudian anda sedang dalam keadaan membuka file amo1.hin. Klik Open, Klik Merge, Klik air1.hin. Klik Select, Klik Molecules, Klik     , Klik molekul air, jalan prosedur A(5). Klik kanan mouse pada molekul air. Jalankan prosedur A(5). Klik Display, Klik Recompute H bond. Seleksilah atom yang berikatan hidrogen. Catat jarak ikatannya.

Analisa dengan Hyperchem (AB Initio)


Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si.
Pusat Kimia Komputasi Indonesia Austria, FMIPA UGM Yogyakarta



AB INITIO
Metoda Ab initio merupakan metoda yang mempunyai akurasi paling tinggi diantara metoda penghitungan kimia komputasi lainnya seperti semi-empiris atau mekanika molekular. Sebagai konsekuensi dari pencapaian ketelitian yang tinggi dari metoda ab initio, metoda ini memerlukan waktu operasi yang tinggi sehingga metoda ini hanya mungkin diterapkan pada senyawa degan massa molekul kecil. Hal yang perlu diperhatikan adalah pada langkah pemilihan basis set. Pemilihan basis set akan sangat berpengaruh terhadap hasil yang dicapai. Untuk itu diperlukan data eksperimen sebagai pembanding. Secara teoritis, keabsahan penggunaan basis set dapat ditentukan dengan menghitung basis set superposition error yang menyatakan besarnya kesalahan penggunaan basis set dalam perhitungan.
Untuk melakukan kalkulasi dengan metoda mekanika kuantum ab initio, dipilih ab initio di menu Setup dalam program Hyperchem. Metode ab initio ini dapat digunakan untuk semua kalkulasi yang ada pada menu Compute.

I.   Menghitung energi sistem [alkali/alkali tanah – air]

1.     Masuk program Hyperchem.
                Menggambar sistem molekul alkali/alkali tanah (Li+, Na+, Mg2+, Ca2+, Ba2+) – air.

1.     Model build pada menu Build.
2.     Pilih ab initio pada menu setup. Tentukan basis set yang akan digunakan untuk masing-masing atom dalam sistem. Pilih option dan masukkan muatan dan spin multiplicity sesuai dengan sistem yang dihitung. Spin multiplicity = 2s + 1, s berharga ½ untuk satu elektron tak berpasangan.
3.  Lakukan perhitungan energi sistem dengan memilih geometry optimization atau single point pada menu compute.
4.     Perhatikan energi, muatan dan momen dipol pada hasil perhitungan.
5.     Tentukan energi interaksi antara kation dengan molekul air (intermoleculer) dengan cara menghitung energi masing-masing species menggunakan basis set yang sama dengan basis set pada penghitungan energi kompleks.

Analisa dengan Hyperchem (Pemodelan Spektroskopi UV)


Tujuan
Analisis spectra UV senyawa dengan metode semi empiris
Latar belakang
Di dalam program hyperchem, anda dapat menghitung beda energi antara keadaan elektronik dasar dengan keadaan elektronik tereksitasi dari system molecular dengan menggunakan metode ab initio atau metode semi empiris kecuali extended hukel. Untuk menghasilkan spectrum UV, anda harus melakukan perhitungan metode single excited CI (configuration interaction) dengan metode ab initio  atau semiempiris yang dipilih. Gunakan kotak dialog Electronic Spectrum untuk menampilkan dan menganalisis spectrum UV-Vis yang dihasilkan dari perhitungan  single excited CI. Setelah anda melakukan  perhitungan  single point, maka pilihan Electronic Spectrum pada menu compute akan aktif dan siap digunakan untuk analisis.
Frekuensi transisi v didefinisikan sebagai
Ei adalah energi keadaan awal dan Er adalah keadaan akhir dan h adalah tetapan Plank. ZINDO/S diparameterisasi khusus untuk pengukuran spectra UV-Vis, namun demikian metode semi empiris yang lain atau ab initio  juga dapat digunakan.
Aplikasi dari spectroskopi UV-Vis sangat luas, termasuk didalamnya fitokimia, fotobiologi, fotofifik dan spektroskopi analisis. Beberapa contoh topik penggunaan spectroskopi UV-Vis antara lain :
·         Perubahan serapan panjang gelombang dari zat warna akibat perubahan substituen.
·         Mempelajari spectra transfer muatan pada ion logam-ligan.
·         Menentukan transisi absorpsi UV-Vis yang didasarkan pada keterlibatan orbital dalam transisi.
Sebagai catatan, jika anda mempelajari molekul organic yang mempunyai ikatan terkonjugasi seperti cat, seringkali hanya diperlukan sedikit orbital dalam CI. Sebagai contoh, jika akan menentukan spectrum UV dari asam p-aminobenzoat, spektroskopi (200-350 nm) secara akurat dapat diperoleh dengan hanya menggunakan 2 orbital pada orbital terisi dan tidak terisi, dibandingkan dengan memasukan masing-masing 10 orbital. Spectra orbital akan memberikan semakin banyak garis pada daerah energi tinggi tetapi tidak memberika pengaruh besar pada panjang gelombang maksimum. Akurasi dari spectrum yang diprediksi bergantung pada ukuran, yaitu ruang aktif orbital dari perhitungan CI, karena perhitungan CI lebih lama dibandingkan dengan SCF, maka ukuran molekul menjadi factor utama ketelitiannya.
Prosedur
1.      gambarkan struktur dibenzalaseton dengan berbagai variasinya (ada 3 buah konformasi yang mungkin dibentuk), dan ubahlah dalam bentuk 3D dengan klik ganda pada tool selection (atau klik menu Build, pilih add H & Model build)
2.      pilih metode semi empiris PM3 pada menu setup. Pada kotak dialog options, pilih RHF spin pairing (mutlak dipilih RHF, bukan UHF), atur total Charge pada nol, spin multiplicity pada 1,dan pilih lowest state.
3.      pilih CI, dan pilih Singly Excited sebagai metode CI yang dikenal sangat efisien dan sangat baik dalam menentukan energi spektroskopi. Pilih Orbital Criterion, dan tentukan jumlah orbital terisi (occupied) dan orbital tidak terisi (unoccupied).
4.      tutup kotak dialog dengan klik pada ok, kemudian pilih single point dari menu compute. Hyperchem akan melakukan perhitungan  SCF untuk mendapatkan konfigurasi elektronik pembanding (reference) yang terasosiasi dengan keadaan dasar singlet dari molekul. Kemudian hyperchem menghasilkan satu seri konfigurasi tereksitasi singly, menghitung matrik Hamiltonian antara mereka dan kemudian didiagonalisasi suatu matrik untuk dapat menganalisis spectra UV-Vis.
5.      jika perhitungan sudah selesai, pilih Electronic Spectrum pada menu compute. Dua set garis akan dimunculkan pada kotak dialog. Pada bagian atas akan dimunculkan semua keadaan elektronik tereksitasi (singlet dan triplet), sedangkan pada bagian bawah hanya menunjukan keadaan yang aktif secara spektroskopi dan intensitas relative mereka. Jika diklik pada bagian bawah, maka garis berwarna hijau akan berubah menjadi violet dan di kotak bawah akan ditunjukan hasil analisisnya.
6.      lakukan analisis UV-Vis terhadap senyawa yang lain (variasi R dengan –OH, -OCH3, -NO2, -COOH, -NH2, COOCH3) dan bandingkan hasil pengukuran UV dengan data eksperimental yang tersedia. Untuk mendapatkan hasil yang sesuai, anda juga harus memvariasi metode semiempiris yang digunakan dalam metode single point.
Hasil
Gugus ( R )
λ maksimum
-H
-OH
-OCH3
-NO2
-COOH
-NH2
-COCH3
Analisis
1.      jelaskan pengaruh  substituen terhadap λ maksimum yang diperoleh dari perhitungan kimia komputasi.
ZINDO adalah metode semiempiris yang parameterrisasinya didasarkan pada data spektroskopi sehingga diharapkan pengukuran spectra dengan metide ZINDO akan menghasilkan data yang bersesuaian dengan data eksperimen. Bandingkan hasil yang anda peroleh dengan hasil yang diperoleh dengan metode ZINDO.

Analisa Dengan Hyperchem (Interaksi Eter Mahkota dengan Suatu Ion)


Tujuan
Mendapatkan informasi struktur molekul beberapa eter mahkota tersubtitusi untuk senyawa eter 15-mahkota-5 dan interaksinya dengan ion Na+ secara teoritis dengan menggunakan perhitungan kimia komputasi metode semiempiris.
Latar Belakang
Selektivitas eter mahkota terhadap suatu ion bergantung pada beberapa factor antara lain kesesuaian jari-jari ion logam dengan diameter rongga/kavitas eter mahkota, kemudian eter mahkota untuk mengatur ulang konformasinya untuk dapat mengikat ion logam dengan kuat, dam juga pada pengaruh substituen dalam meningkatkan kepadatan electron pada atom oksigen eter mahkota sehingga akan menaikkan kemampuan eter mahkota dalam mengikat ion logam.
Secara eksperimental telah diketahui bahwa selektivitas eter mahkota dalam mengikat ion logam sangat bergantung pada kesesuaian jejari ion logam dengan diameter rongga eter mahkota. Hal ini mudah dipahami dari fakta bahwa ion logam yang jejarinya jauh lebih kecil dari rongga eter mahkota akan menyulitkan terjadinya ikatan yang kuat karena ion akan mudah lepas, sementara jika jejari ion jauh lebih besar dari kavitas eter mahkota, ion tidak dapat memasuki rongga. Untuk kasus yang terakhir ini, eter mahkota masih dapat mengikat ion logam tersebut dengan membentuk sandwhich, yaitu dua eter mahkota menjepit ion logam
Ukuran substituen juga akan dapat mempengaruhi kemampuan eter mahkota dalam mengikat ion logam melalui perubahan konfromasi eter mahkota. Substituen yang meruah akan dapat mengubah bentuk eter mahkota dan sekaligus juga akan mengubah diameter kavitas dari eter mahkota. Jika perubahan ini mempermudah eter mahkota dalam mengikat suatu ion tertentu akan dapat dilihat perubahan selektivitas dari eter mahkota dalam mengikat suatu ion tertentu maka dapat dilihat perubahan selektivitas dari eter mahkota tersubstitusi ini.
Substituen yang bersifat donor elektron akan cenderung menggeser kepadatan elektron ke arah atom oksigen eter mahkota sehingga akan meningkatkan kemampuan eter mahkota untuk mengikat logam. Geseran elektron ini dapat disebabkan karena adanya pengaruh induksi positif (+I), maupun oleh adanya pengaruh mesomeri (+M) yaitu jika substituen dapat menggeser kepadatan elektron dengan terjadinnya delokalisasi elektron.
Prosedur
a)      Optimasi struktur eter mahkota
1.      Gambarkan struktur senyawa dalam bentuk 3D menggunakan program HyperChem.
2.      Optimasi struktur eter mahkota untuk mendapatkan konformasi struktur yang paling stabil menggunakan metode semiempiris MNDO/d dengan batas konvergensi sampai gradien 0,001 kkal/mol.
Struktur eter mahkota yang akan diteliti antara lain:
b)        Interaksi eter mahkota dengan kation logam Na+
Struktur eter mahkota yang telah dioptimasi diinteraksikan dengan ion logam alkali Na+. Ion logam diletakkan pada posisi tengah kavitas eter mahkota dan selanjutnya dilakukan optimasi struktur sampai didapatkan kompleks ion-eter  mahkota yang paling stabil. Analisis tentang panjang ikatan, sudut ikatan, sudut dihedral dan besaran termokimia dilakukan dengan data perhitungan kimia komputasi.
c)      Menentukan energi interaksi kation dengan eter mahkota dengan persamaan:
∆Einti reaksi = Ekation-eter mahkota – Ekation – E eter mahkota
Ekation diperoleh dengan melekukan perhitungan energi single point Na+, sedangkan Eeter mahkota diperoleh dengan membuka kompleks Na-eter mahkota, hilangkan atom Na, sesuaikan muatan sistem ke nol, dan lakukan perhitungan energi single point terhadap struktur eter mahkota. Hitung semua interaksi semua eter mahkota tersubstitusi dengan ion Na+.
  
LAPORAN PRAKTIKUM PERCOBAAN XVIII
INTERAKSI ETER MAHKOTA DENGAN SUATU ION
Hasil
Lengkapilah tabel berikut ini dan gambarkan grafik antar jenis substituen dengan energi interaksi.
Substituen
Ekompleks
Eeter mahkota
ENa+
Einteraksi
-H
-OCH3
-OH
-CH3
-CH=CHCOOH
-CHO
-COOH
Analisis
1.  Jelaskan kaitan antara besarnya energi interaksi dengan jenis substituen ditinjau dari efek penarik dan pemberi elektron!
2.      Perhatikan muatan atom netto Na+ dalam sistem kompleks, apakah terjadi fenomena pergeseran muatan? Bagaimana data ini menjelaskan sifat dari interaksi kation logam dengan eter mahkota?
3.      Bagaimana saudara mendapatkan informasi tentang kesesuaian jejari ion dengan kavitas eter mahkota?
4.     Perhatikan muatan atom oksigen dari eter mahkota sebelum dan sesudah ditambahkan substituen. Apakah secara nyata ada penambahan muatan oksigen setelah penambahan substituen yang bersifat pemberi elektron.
5.      Buatlah grafik antara muatan atom oksigen eter mahkota setelah eter mahkota mengikat ion Na+. Berikan penjelasan tentang kaitan muatan atom oksigen dengan pengaruh gugus pemberi dan penerima elektron!